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Bioinformatics Analysis of the Transcriptional Regulation of Peutz-Jeghers Syndrome Gene STK11/LKB1

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Author:
No author available
Journal Title:
JOURNAL OF CHINESE PHYSICIAN
Issue:
2
DOI:
10.3760/cma.j.issn.1008-1372.2005.02.001
Key Word:
Peutz-Jeghers综合征;STK11/LKB1;转录调控;生物信息学

Abstract: 目的初步了解STK11/LKB1的转录起始位点信息,分析其可能的候选启动子区段,为以后进行STK11/LKB1的转录调控研究作准备.方法通过检索网上数据库资料,获得STK11/LKB1的转录本信息;运用MethPrimer和FirstEF两种程序,对包含STK11/LKB1基因"第一外显子"、"第一内含子"及其5'UTR区上游的gDNA片段序列,分别进行CpG岛分析和第一外显子预测;利用PromoterInspector等预测程序,对STK11/LKB1的启动子进行预测.结果目前已知的STK11/LKB1转录本中,5'UTR区最长的序列为BC007981(GenBank登录号);STK11/LKB1基因属于典型的CpG岛相关基因,现有的"第一外显子" 之5'上游已不再有外显子,已有的5'UTR区基本已基本接近STK11/LKB1的转录起始位点;在BC007981的5'上游约200bp到400bp内很可能存在有启动子.结论 STK11/LKB1已有的5'UTR区基本已基本接近STK11/LKB1的转录起始位点,在BC007981的5'上游数百bp内很可能能找到具有启动活性的区段从而有利于进行下一步的转录调控研究.实验明确其真实的转录起始位点应已相对容易.

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