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Optimization of SCoT-PCR Reaction System, and Screening and Utilization of Polymorphic Primers in Sugarcane
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- Author:
- No author available
- Journal Title:
- Chinese Journal of Applied & Environmental Biology
- Issue:
- 5
- DOI:
- 10.3724/SP.J.1145.2012.00810
- Key Word:
- 甘蔗;SCoT标记;体系优化;引物筛选;多态性能力
Abstract： 目标起始密码子多态性( Start condon targeted polymorphism,SCoT)分子标记是一种新型的标记,结合了ISSR标记和RAPD标记的优点.本研究针对SCoT-PCR反应体系的影响因素,以甘蔗叶片DNA为材料,在单因子实验的基础上,采用L16(45)正交实验设计,进一步探讨了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶等5个因素对甘蔗SCoT-PCR扩增效果的影响,建立了甘蔗SCoT-PCR的优化反应体系.25 μL PCR反应混合液中,含50 ng DNA模板、2.0 μL 10×Ex Taq Buffer ( Mg2+ Plus)、0.625 UEx Taq酶,dNTP和引物的终浓度分别为0.22 mmol/L和0.9μmol/L.以我国种植面积最大的栽培品种新台糖22号为模板,应用优化体系,对40条SCoT标记引物进行测试,筛选出16条有效扩增的引物,且均为多态性引物,其GC含量在50％～67％之间.该体系的稳定性和SCoT标记引物的扩增能力,通过基于随机选择的4条引物对9份具有地理来源和遗传背景不同的甘蔗种质进行标记分析来验证,结果共扩增出84条带,其中多态性条带占82.14％,平均单条引物可扩增出21条.研究结果为在甘蔗上进一步开发和应用功能性SCoT标记奠定了基础.
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