Abstract： 目的:分析我国7市家蝇的rDNA-ITS2基因.方法:采集北京、吉林、长春、成都、南京、湖北荆州和养殖7市8个家蝇样本,形态鉴定. 依据Drosophila melanogaster的nrRNA序列,设计扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2基因的引物,PCR扩增不同地区家蝇基因组,获特定基因片段,SSCP分析. 将PCR扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2片段克隆于pMD-18T载体,序列测定,采用Clustal W软件在线分析不同地区家蝇rDNA-ITS2序列,用MegAlign(4.0)软件的UPMGA方法构建系统发育树. 结果:我国7市8个家蝇样品的rDNA-ITS2基因均获约360 bp阳性扩增区带. SSCP分析8个家蝇样品的rDNA-ITS2的SSCP电泳DNA迁移率均有一定差异. Clustal W比对分析不同地区的8个家蝇rDNA-ITS2基因序列间存在一定差异. 同源性为75%,而其中部分地区家蝇样品rDNA-ITS2序列同源性高,家蝇(长春、吉林、养殖),三者之间的同源性为98.0%～99.1%;家蝇(成都、南京、广州、荆州)之间的同源性为99.1%～99.7%. 系统聚类分析显示,发育树共分成2支,1支是家蝇(北京与养殖)关系密切,先聚为一类,然后与家蝇(长春)再聚类;另1支是家蝇(成都与荆州)关系密切,最先聚类,然后与家蝇(南京)聚类,再与家蝇(广州)聚类,最后与家蝇(吉林)聚类. 结论:应用PCR-SSCP和rDNA-ITS2基因序列分析揭示我国不同地区家蝇基因组序列存在一定差异.